El Departamento de Música fue creado en la Universidad Javeriana el 11 de Junio de 1991. El proceso sin embargo, se había iniciado en 1985, cuando el compositor Guillermo Gaviria presentó un proyecto de “ampliación y formalización de las actividades musicales en la Pontificia Universidad Javeriana”. El Departamento de Música sirvió como modelo para el desarrollo de los otros Departamentos de la Facultad de Artes, creada oficialmente en la Universidad en 1995.
El Departamento de Música ha demostrado desde sus inicios una clara fortaleza en las áreas de Teoría y Composición, y cuenta con profesores de alta calidad que trabajan en las secciones de Interpretación, Dirección, Audio y Tecnología, Jazz y Músicas Populares, y Musicología.
En el área de investigación y creación se iniciaron formalmente labores en el año 2002 con el grupo DeciBelio, dedicado a la investigación, interpretación y creación de repertorio contemporáneo. Desde entonces se han creado otros grupos y se han desarrollado con éxito varios proyectos de investigación. El Departamento así mismo, ofrece servicios de docencia a todos los programas de la universidad y organiza cada semestre una importante agenda de conferencias, seminarios y clases magistrales con profesores de planta, de cátedra, temporales e invitados.