Ilia Prigogine e Isabel Stengers analizan, en su obra fundamental La nueva alianza, la metamorfosis que ha sufrido la ciencia al reconocer y comprender los sistemas complejos. Su punto de partida es la descripción de la ciencia «clásica», discurso fundante de la Modernidad, y sus principios. La ciencia moderna en sus origenes se sustenta en un proceso de idealización engañosa y reduccionista según el cual el mundo, y todos sus procesos naturales, es simple y está regido por un conjunto limitado de leyes matemáticas, a su vez, simples, eternas y deterministas. Este principio corresponde a una visión estática de la naturaleza donde el devenir del tiempo no existe y presente y futuro son equivalentes. (p.21)
...se vieron las leyes eternas como las únicas que expresaban la racionalidad de la ciencia. La temporalidad no siendo contemplada más que como una ilusión. Esto ha dejado de ser verdad hoy día. Hemos descubierto que lejos de ser una ilusión, la irreversibilidad juega un papel esencial en la naturaleza y se encuentra en el origen de muchos procesos de organización espontánea. Sabemos hoy día que estos procesos son presumiblemente el fundamente de la autoorganización en sistemas biológicos. Nos encontramos en un mundo azaroso, un mundo en el cual la reversibilidad y el determinismo son solamente aplicables a situaciones límite y casos simples, siendo al contrario la regla la irreversibilidad y la indeterminación. (p.19)Un ejemplo decisivo de un proceso irreversible es la propagación del calor cuya ley fue formulada por Fourier a principios del siglo XIX . La teorización procedente de la ciencia del calor originó la termodinámica, primera ciencia «no-clásica». La termodinámica distingue entre procesos reversibles e irreversibles sin embargo,
Durante el siglo XIX sólo se consideraba el estado final de una evolución termodinámica, dando lugar a la termidinámica del equilibrio. Se menospreciaban los procesos irreversibles considerándolos como perturbaciones, como un tema falto de todo interés. La situación ha cambiado radicalmente hoy día. Sabemos que lejos del equilibrio pueden aparecer espontáneamente nuevos tipos de estructuras. En condiciones muy alejadas del equilibrio podemos tener una transformación del desorden y el caos en orden. Pueden surgir nuevos estados dinámicos de la materia que reflejan la interacción de un sistema dado con su entorno. Hemos bautizado a estas nuevas estructuras con el nombre de estructuras disipativas, para hacer énfasis en el paradójico papel que tienen los procesos disipativos en su formación y mantenimiento.(p.22)El concepto de estructura disipativa relaciona paradójicamente estructura y orden con disipación y desperdicio. "La transferencia de calor se consideraba como una fuente de desperdicio en termodinámica clásica. Aquí se convierte en fuente de orden. La interacción de un sistema con el mundo externo, su colocación en condiciones de no-equilibrio, pueden convertirse de esta manera en el punto de partida para la formación de nuevos estados dinámicos de la materia, las estructuras disipativas." (p.146)
El resultado es un nuevo orden dinámico, complejo, coherente y, sin embargo, «abierto», fragmentado, no-lineal. Ya no hay certidumbres absolutas sino expectativa ante lo imprevisto causante de las transformaciones, la innovación, la creación y la destrucción.
La termodinámica de los procesos irreversibles ha descubierto que los flujos que atraviesan ciertos sistemas físico-químicos y los alejan del equilibrio pueden alimentar fenómenos de autoorganización espontánea, rupturas de simetría, evoluciones hacia una complejidad y una diversidad creciente. Ahí donde se paran las leyes generales de la termodinámica puede revelarse el papel constructivo de la irreversibilidad; es el dominio en donde las cosas nacen y mueren o se transforman en una historia singular, que tejen el azar de las fluctuaciones y la necesidad de las leyes.(p.258)