El Departamento de Microbiología está conformado por treinta y ocho profesores de tiempo completo, dos profesores de medio tiempo y diecisiete profesores de hora cátedra, que tienen por objetivo participar en Docencia, Investigación y Servicio en la comunidad universitaria proyectándose a la comunidad nacional.
En el campo docente, el Departamento de Microbiología contribuye a la formación de los estudiantes de la Facultad de Ciencias, así como a estudiantes de las Facultades de Medicina, Odontología, Enfermería y Ecología, dictando para ellos los cursos correspondientes al área de la Microbiología. A nivel de postgrado el Departamento tiene bajo su dirección los programas de Maestría en Ciencias con énfasis en Microbiología General, Microbiología Industrial e Inmunología, los programas de Especialización en Microbiología, Especialización en Inmunología Clínica y Especialización en Laboratorio Hematológico y Banco de Sangre. De la misma manera apoya el Programa de Doctorado en Ciencias.

Los profesores se desempeñan en proyectos de investigación gracias a la moderna infraestructura experimental que se ha logrado a través de la financiación interna y externa en los últimos años. Estos proyectos han generado publicaciones a nivel nacional e internacional, que dan cuenta de los hallazgos del Departamento en diferentes sectores del conocimiento.

Para servir a la comunidad más allá de la docencia y la investigación científica, el Departamento de Microbiología cuenta con una Unidad de Citometría de Flujo (UCF) y una Unidad para Donantes de Sangre (DARVIDA). La UCF ofrece la tipificación de poblaciones y subpoblaciones celulares implicadas en la patología inmunológica y tumoral, y actualmente es parte integral del programa de transplante de médula ósea de la Facultad de Medicina y el Hospital San Ignacio en nuestra Universidad. La UCF apoya muy especialmente el desarrollo de la tipificación, aislamiento y caracterización funcional de células madres provenientes de cordón umbilical. La Unidad DARVIDA ofrece una infraestructura de recolección de sangre que es inmediatamente analizada desde el punto de vista microbiológico con el fin de apoyar los programas de donación, favoreciendo la práctica quirúrgica y la suplementación sanguínea en diferentes eventos hospitalarios y extrahospitalarios.

Adicionalmente, el Departamento apoya al Centro de Servicios de la Facultad de Ciencias (CSFC). El CSFC se ocupa de brindar asistencia técnica, capacitación, apoyo investigativo y solución a problemas microbiológicos a nivel nacional. Este servicio integra, entre otros, los siguientes laboratorios de análisis específico: 1- Laboratorio de biotecnología aplicada, 2- Laboratorio de microbiología ambiental, 3- Laboratorio de análisis microbiológico de alimentos, 4- Laboratorio de análisis microbiológico de productos farmacéuticos y cosméticos, 5- Laboratorio de microbiología de aguas, 6- Laboratorio de microbiología veterinaria y 7- Laboratorio de microbiología de suelos.