Los candidatos pueden aplicar al programa doctoral en cualquier época del año. La admisión es hecha por el Comité de Posgrado, previo estudio de la documentación que presente el aspirante que deberá incluir: Carta compromiso de su propuesto tutor en la que acepte servir como tal en caso de que el estudiante sea admitido, proponga en términos generales la investigación doctoral que hará el estudiante y demuestre que tiene los medios reales o potenciales para que el estudiante pueda terminar su investigación; Currículum vitae del estudiante; demostración de que el candidato tiene los medios para dedicarse de tiempo completo al programa; Notas de pregrado y fotocopia del título; Notas de posgrado y, en caso de haber hecho un programa de maestría, fotocopia del título. Una vez admitido, el estudiante podrá matricularse para iniciar el programa en el siguiente semestre posterior a la admisión.

Para presentar a un estudiante al programa de doctorado, el tutor deberá haber sido habilitado como tutor por el Comité de Posgrado que tiene en cuenta su hoja de vida, su experiencia como tutor de estudiantes de pre y posgrado y su trayectoria como investigador. El tutor puede ser un profesor de planta de la Pontificia Universidad Javeriana o de otra universidad o Instituto de Investigación que tenga la experiencia y los medios para tutoriar al estudiante.