La estructura curricular se desarrolla mediante un enfoque que permite tener una coherencia horizontal y vertical que va de lo simple a lo complejo, y de lo general a lo especifico fundamentada en tres ejes curriculares que son las ciencias básicas, la investigación y la practica clinica basada en evidencia cientifica en cirugía y Maxilofacial y complementada por la interdisciplinaridad en el área medica, odontológica y paramédica.
El desarrollo del programa busca el logro de la Misión de la Universidad a través de la formación integral de alta calidad centrada en valores y capacidades a desarrollar por medio de la interacción con el currículo como estilo, el docente como mediador y el estudiante como gestor de su propia formación. La interacción se da en los diferentes escenarios de aprendizaje (salones de clase, juntas quirúrgicas, reuniones multidisciplinarias, rotaciones hospitalarias, salas de cirugía, y consultorios entre otros); en forma progresiva e integradora con el uso de los recursos con que cuenta la Universidad y los centros hospitalarios con los que se tiene convenio, a nivel nacional o internacional. .

Para el logro de los objetivos es necesario que el estudiante tenga un entrenamiento inicial que consta de un ciclo básico completo y una revisión teórica de las diferentes áreas que abarca la especialidad, con una presentación de los casos clínicos que van aumentando su complejidad durante el desarrollo del programa, pretendiendo adquirir conocimientos y desarrollar habilidades que les permita en el futuro desarrollarse como especialistas integrales. Las practicas clínicas además de dejar enseñanzas científicas y desarrollar habilidades, presentan un componente de desarrollo de valores morales y de ayuda a las comunidades menos favorecidas, en las rotaciones en centros asistenciales que tiene el programa.

Aprovechando la presencia de otros programas de especialización existentes dentro de la Facultad de Odontología de la Universidad Javeriana y dentro del Hospital de San Ignacio, se cuenta con asignaturas teóricas interdisciplinarias que fortalecen el conocimiento y el manejo de los pacientes, haciendo que la atención sea aplicada en las áreas clínicas de manera integral.
El programa de la especialización en Cirugía maxilofacial está dividido en 2 grandes áreas: una teórica y una practica

Área teórica:
Busca fundamentar los conocimientos académicos de la especialidad en donde se fomente la investigación y se sustente el porqué y el cómo de los conceptos emitidos bajo los parámetros que brindan la ciencia y la tecnología. El curso en ciencias básicas es desarrollado en la facultad de Medicina y es parte del programa desarrollado por los estudiantes de pregrado de medicina. El curso se integra con los cursos de anatomía, histología, bioquímica, biología celular, fisiología y conducta humana; simultáneamente son revisados los conceptos teóricos básicos en el área de cirugía oral y maxilofacial iniciando por las áreas básicas hasta llegar a los niveles mas altos de complejidad. La metodología a emplearse corresponde a un sistema de aprendizaje integral e interdisciplinario donde el individuo es autor de su propia formación por medio de clases magistrales, practicas de laboratorio, seminarios y simulaciones en computador; así el estudiante adquiere las destrezas que le permite adquirir los conocimientos. Además el programa comprende discusión de lecturas dirigidas previamente recomendadas, seminarios sobre temas específicos y practicas de laboratorio. En algunos casos habrá profesores invitados expertos en algunas áreas quienes dictaran conferencias sobre temas especiales,

Área Practica:
Pretende que el alumno participe en actividades docente asistenciales en relación continua con pacientes, sus familiares y con los distintos miembros de los equipos de salud, y con los conocimientos básicos, iniciará su formación clínica y complementará aspectos en la disciplina de la especialidad.

La experiencia clínica es la estrategia pedagógica central del programa, lo cual permite la interacción con el paciente en un marco institucional apoyado y supervisado por el docente. El docente orienta y guía la reflexión y la búsqueda de los conocimientos que el estudiante debe ir adquiriendo con el trabajo individual, apoyado por las actividades teóricas, con la observación de los profesores y los demas miembros del personal de salud y con la discusión en los talleres, seminarios y juntas quirúrgicas. La naturaleza practica de los últimos semestres, hace énfasis en la adquisición de experiencias clínicas y la practica dirigida individual. Además, la indagación y la problematización permanente facilitan al estudiante el análisis crítico de la información y de los procesos diagnósticos y terapéuticos, y la utilización y manejo de los recursos y de los procedimientos administrativos.
Clínica de Cirugía Oral
Pretende iniciar las prácticas clínicas en el área de cirugía oral una vez el alumno ha recibido los fundamentos teóricos durante el primer semestre. Dentro del plan de estudios se desarrolla durante el segundo y tercer semestre con una intensidad de dos horas semanales en el área quirúrgica de Facultad de Odontología, utilizando el mismo sistema pedagógico utilizado para el área práctica.
Rotaciones Clínicas Hospitalarias

Estas rotaciones están diseñadas para el entrenamiento clínico de los residentes de segundo, tercer y cuarto año, en diferentes servicios hospitalarios de Cirugía Maxilofacial, donde el alumno encontrará la oportunidad de realizar aprendizaje mediante los criterios pedagógicos de aprender viendo, haciendo e investigando; continuando la revisión de conceptos teóricos necesarios para complementar el aprendizaje practico, realizando seminarios, juntas quirúrgicas, presentación de casos clínicos etc.
Actualmente existe convenio docente con los siguientes centros hospitalarios en Bogotá, Cali, Florencia y San José de Costa Rica:

Hospital Universitario de San Ignacio, Bogotá ( Nivel tercer año)
Hospital Santa María, Florencia, Caquetá (Nivel tercer año)
Clínica Valle de Lilly y Universidad del Valle, Cali, Valle (Nivel tercer año)
Instituto Nacional de Cancerología, Bogotá (Nivel tercer año)
Hospital Calderón Guardia San José (Costa Rica) (Nivel tercer y cuarto año)
Hospital de Kennedy (Nivel tercer y Cuarto año)
ESE Luis Carlos Galan, ISS, Bogotá (Nivel tercer y Cuarto año)
Fundación Cardio Infantil, Bogotá (Nivel tercer y Cuarto año)

ESE Luis Carlos Galan, ISS, Bogotá (Nivel tercer y Cuarto año)
Fundación Cardio Infantil, Bogotá (Nivel tercer y Cuarto año)