La estructura curricular se desarrolla mediante un enfoque que permite tener una coherencia horizontal y vertical que va de lo simple a lo complejo y de lo general a lo especifico fundamentada en cuatro ejes curriculares que son las ciencias básicas, la patología quirúrgica, la investigación y la interdisciplinariedad, todas ellas enfocadas bajo el paradigma de la practica clínica basada en la evidencia científica. El programa del postgrado de Patología y Cirugía Bucal está dividido en 4 grandes áreas:

• Ciclo Básico: Permite al estudiante acceder al conocimiento de la especialidad desde las ciencias básicas que la fundamentan. Así mismo en este ciclo el alumno recibe la capacitación en metodología de la investigación con miras al desarrollo de propuestas de investigación y de la docencia.

• Patología Quirúrgica: Pretende enseñar al especialista el fundamento básico de la especialidad, el conocimiento biológico del complejo buco maxilo facial y los componentes titulares y orgánicos para tener conocimientos sólidos que sirvan para el diagnóstico de las enfermedades buco maxilofaciales. Así mismo pretende capacitar al posgraduando para el uso de las diferentes técnicas y materiales que se requieren para realizar un adecuado diagnóstico.
• Área quirúrgica: Busca formar especialistas con conocimientos sólidos, claros y concisos en el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de las patologías del origen epitelial, no odontogénico, odontogénico, de tejidos blandos y óseos, basados en los paradigmas de la Odontología basada en la evidencia.
• Área Clínica: Permite el desarrollo de habilidades semiológicas y quirúrgicas a través de rotaciones en instituciones como el Instituto Nacional de Cancerología, el Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta, el Instituto de Medicina Legal y Forense y en el área quirúrgica de la Facultad de odontología
• El Ciclo Interdisciplinario: El cual busca formar especialistas con conocimientos y fundamentos sólidos, claros y concisos en el diagnostico diferencial de las patologías, manejo de pacientes medica y sistémicamente comprometidos, y manejo integral de pacientes que se encuentran en tratamiento odontológico.
La Clínica en la Facultad de Odontología de la Pontificia Universidad Javeriana y las rotaciones hospitalarias, es una de las grandes fortalezas del posgrado ya que cuenta con un volumen de pacientes suficientes para cumplir con los grados de complejidad en los que se deben formar un especialista.
El posgrado de Patología y Cirugía Oral es un programa teórico práctico cuya estructura curricular se fundamente en:

Metodología de Aprendizaje:
Basados en los modelos de aprender investigando y aprender haciendo, a través de las estrategias docentes para conseguir un aprendizaje significativo sobre la ciencia y la tecnología.