La Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas es una de las más antiguas de la Universidad Javeriana.
En el año 1931 la Universidad reinició labores con la Facultad de Ciencias Económicas y Jurídicas. Posteriormente en noviembre de 1963 la Facultad se dividió, de acuerdo con lo previsto en el acta de restablecimiento de la Universidad Javeriana, en: Facultad de Economía y Facultad de Ciencias Jurídicas.
En enero de 1970 se integró la Facultad de Ciencias Económicas y Sociales, que incluía las Carreras de Administración de Empresas, Economía, Sociología y Trabajo Social. Un año más tarde, en 1971 se creó la actual Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas, para la que se formalizó este nombre a partir de 1972, con las carreras de Administración de Empresas, Contaduría Pública y Economía.
En 1995 tras la disolución de la Facultad de Estudios Interdisciplinarios – FEI-, se integraron a la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas los Posgrados existentes en esa época: Administración de Salud y Maestría en Economía. Desde ese año la Facultad quedó integrada por los campos académicos que la identifican actualmente: Administración de Empresas, Administración de Salud, Contaduría Pública y Economía.
Actualmente, la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas en compañía del Departamento de Historia de la Facultad de Ciencias Sociales, y bajo la dirección editorial del profesor Augusto Montenegro, Profesor Emérito de la Universidad, se encuentra desarrollando su historia completa.