• Ser un Instituto que lidere y sirva de espacio interdisciplinario para la integración y cualificación de los trabajos de investigación, servicios y educación continua, que en el tema ambiental realicen las diferentes Unidades Académicas de la Universidad.
• Trabajar con grupos humanos de alta calidad profesional y ética, y con un amplio reconocimiento institucional nacional e internacional.
• Tener una amplia participación en redes especializadas de investigación, docencia y servicios, con diferentes comunidades académicas en la esfera nacional e internacional.

Misión

Producir, transmitir y aplicar conocimiento científico desde un enfoque sistémico, interdisciplinario y participativo, dirigido a la solución de los problemas ambientales del país en el marco del  desarrollo sostenible. En este sentido son particularmente pertinentes los puntos 2,3,5,6 y 7 de la Misión de la Pontificia Universidad Javeriana

• El poco aprecio de los valores de la nacionalidad y la falta de conciencia sobre la identidad cultural.
• La intolerancia y el desconocimiento de la pluralidad y la diversidad.
• La inadecuación e ineficiencia de sus principales instituciones.
• La deficiencia y la lentitud en el desarrollo científico y tecnológico.
• La irracionalidad en el manejo del medio ambiente y de los recursos naturales.

Documento de Misión de la Pontificia Universidad Javeriana. Acuerdo Nº 0066 del Consejo Directivo Universitario, 22 de abril de 1992