Los trabajos de investigación de los profesores del IGH han sido galardonados con diferentes distinciones, que han afirmado a este Centro de Investigación en un importante referente nacional e internacional. Estas son, en orden cronológico:
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Premio a la Vida y Obra de un Científico Colombiano otorgado por la Asociación Colombiana de Medicina Interna en 1998 al Dr. Jaime Bernal
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Premio Bienal al Investigador Javeriano en el Área de Salud 2007.
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Llaves de la Ciudad de Cartagena de Indias, Alcaldía Municipal De Cartagena al Dr. Jaime Bernal Villegas 2007.
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Primer lugar en el Área de Salud 2007.
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Primer Puesto en Investigación Oncológica, Congreso Cáncer 2008. Dra. Diana Torres.
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Mención de Honor en el Área de Salud (Dr. Alberto Gómez Gutiérrez). 2009
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Primer Puesto en Investigación Básica, Congreso Internacional de Ortodoncia 2010. Dra. Diana Torres.
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Premio de la Academia Nacional de Medicina y Laboratorios Abbott. Análisis de haplotipos y espectro mutacional del Síndrome de Usher 2010.
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Mención de Honor en el Área de Salud. 2010.
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Mención de Honor en el Área de Salud. 2011.
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Premio de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales Fundación Alejandro Ángel Escobar. Drs. Alberto Gómez, Ignacio Briceño y Jaime Bernal y entrevista ,2011
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Premio Scopus al Dr. Manuel A Franco, 2012
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Orden Universidad Javeriana al Dr. Jaime Bernal 2012
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Doctorado Honoris Causa, Universidad Nacional Hermilio Valdizán del Perú al Dr. Jaime Bernal
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Mención de Honor en el Área de Salud. 2013
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Premio Ángel Carracedo Genética de poblaciones a Marcela Díaz Matallana, estudiante doctoral de Ignacio Briceño y Alberto Gómez, XIII Congreso Nacional / VII Congreso Internacional de Genética Humana
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Reconocimiento a la excelencia en la Atención Integral en Salud a la Primera Infancia.
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Mención de Honor Alejandro Ángel Escobar: Nuevo predictor para la preeclampsia antes de la semana 20 de gestación. Reseña, 2015
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Premio al Investigador Javeriano. Primer lugar en el Área de Salud (Manuel Franco - Juanita Angel)
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Premio Bienal al Investigador Javeriano. Mención de Honor en el Área de Salud (Manuel Franco)
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Premio Scopus (Manuel Franco)
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