El programa de Maestría en Logística y Transporte cuenta con 48 créditos. El componente de fundamentación  (26 créditos) busca desarrollar las competencias cuantitativas y tecnológicas,  así como las competencias de gestión.

Los estudiantes deben seleccionar una de los siguientes componentes de profundización (8 créditos) de acuerdo a su interés:

Gestión de la cadena: Se busca desarrollar las competencias gerenciales para generar valor dentro de las redes de valor, en donde se hace hincapié en la sostenibilidad, el uso de la tecnología y los métodos cuantitativos para el diseño de operaciones logísticas, y la visión por procesos que busca emplear herramientas de análisis y mejoramiento para lograr dar valor al cliente.

Economía del transporte: Se estudia la toma de decisiones de individuos y organizaciones en temas relacionados al transporte y el impacto de las políticas públicas y regulaciones, en donde debe estudiarse la red de infraestructura disponible, sus inversiones y el impacto sobre los individuos, unidades productivas y sociedad.

Puertos y Plataformas Logísticas: En este eje se estudia la planificación, operación y conexión de los puertos y las plataformas logísticas con los puntos de origen y demanda. Los puertos y las plataformas logísticas se entienden como la infraestructura especializada que permite acoger el transporte en las condiciones óptimas para los operadores, la movilidad y el territorio.

Los estudiantes deben seleccionar entre la modalidad de profundización o investigación, a continuación se describen las 2 modalidades.

Modalidad de profundización: 

El estudiante debe cursar 6 créditos obligatorios en formación investigativa y completar el resto de créditos necesarios en electivas. Los estudiantes buscarán identificar una problemática dentro de la disciplina o ambiente profesional de la Logística y el Transporte, en donde la solución a la problemática identificada puede ser una investigación aplicada, el estudio de casos, la solución de un problema o el análisis de una situación particular, la cual será desarrollada y presentada en la asignatura de Trabajo Final

Modalidad de investigación: 

En esta modalidad el estudiante debe cursar 12 créditos obligatorios en formación investigativa, los cuales buscan desarrollar las competencias requeridas para desarrollar investigación dentro del área del conocimiento de la Logística y el Transporte. Es importante reconocer el aporte de la formación en investigación al desarrollo de competencias para generar innovación dentro de las organizaciones y/o analizar la política pública del país.