La investigación, en la Pontificia Universidad Javeriana, es considerada como una de las tres tareas esenciales de la institución junto con la docencia y el servicio de excelencia, en el marco de una universidad integrada a un país de regiones, con perspectiva global e interdisciplinar. 

En nuestra Universidad, la investigación hace referencia a la generación de conocimiento y su transferencia a la sociedad desde una perspectiva amplia, incluyendo la creación artística, la innovación y el emprendimiento. La investigación que incluya experimentación en sujetos vivos o derivados de ellos, garantiza el cumplimiento de las normas éticas, científicas y técnicas favoreciendo el respeto a la dignidad humana, al medio ambiente y a las comunidades.

Con el fin de dar respuesta a la diversidad del conocimiento, la Vicerrectoría se constituye en cuatro áreas de competencia: la Dirección de Investigación, la Dirección de Innovación, la Asistencia para la Creación Artística y el Centro Javeriano de Emprendimiento. Además, cuenta con dos institutos adscritos, el Instituto de Estudios Sociales y Culturales PENSAR y el Instituto de Salud Pública