El sello de San Francisco Javier, en sus dos versiones, puede ser usado única y exclusivamente en los siguientes casos.
Sello oficial
Esta versión debe ser utilizada de forma exclusiva en diplomas, actas de grado y otras piezas ceremoniales.
Sello del Rector
Lleva en la parte inferior del círculo de la leyenda la palabra Rector, en lugar de la palabra Colombia, y solo puede ser utilizado por las rectorías de ambas sedes, en comunicaciones y piezas oficiales.
