El sello fue utilizado inicialmente en 1935, en el catálogo de los primeros estudiantes que recibieron su grado después del restablecimiento de la Universidad.
El sello es circular y lleva en el centro la imagen de San Francisco Javier, Patrono de la Universidad, rodeada por la leyenda: Pontificia Universidad Javeriana. Completa el círculo de la leyenda, en la parte inferior, la palabra Colombia, sobre la cual aparece el año 1623, que corresponde al año de la inauguración jurídica de la Universidad. Esta versión debe ser utilizada de forma exclusiva en diplomas, actas de grado y otras piezas ceremoniales.
El sello del Rector de la Universidad lleva en la parte inferior del círculo de la leyenda la palabra Rector, en lugar de la palabra Colombia, y solo puede ser utilizado por las rectorías de ambas sedes, en comunicaciones y piezas oficiales.
Simbología
La imagen de Javier está tomada del óleo del siglo XVII, que adornó en épocas pasadas el aula máxima de la Universidad. En él, aparece Javier con el birrete de doctor que vistió al recibir su grado en la Universidad de París; lleva en su mano izquierda un ramo de azucenas, símbolo de la pureza, y un cayado rematado por una cruz, que recuerda su dignidad de nuncio papal y su condición de misionero.
