Las tres últimas décadas del siglo XX
En 1970, la Javeriana no solamente cambió de Rector, sino que también asumió un nuevo modelo organizacional que rompió definitivamente con el esquema de una institución doméstica de la compañía de Jesús, similar a los colegios, y la impulsó con decisión hacia la conformación de una auténtica universidad. en efecto, el 18 de julio de aquel año se inició el rectorado del P. Alfonso Borrero, S.J., quien siendo Decano de estudiantes de la Facultad de arquitectura, elaboró en 1967 el documento Universidad Javeriana – Estructura Académica y Admnistrativa. De esta forma pudo el nuevo Rector, en menos de un año, entregar a la Javeriana unos nuevos estatutos que si bien fueron devueltos a la Universidad por el Prepósito General de la compañía de Jesús, se adoptaron ad experimentum y fueron la base de todo el desarrollo normativo posterior. otros cuatro rectores estarían al frente de la Universidad en estas tres décadas. al final del septenio del Padre Borrero, asumirá la rectoría, en 1977, el P. Roberto caro, S.J., Seis años después, en 1983, lo sucederá el P. Jorge Hoyos, S.J., quien como su predecesor, ejercerá este cargo durante un sexenio. En 1989 es nombrado el P. Gerardo Arango, S.J., y nueve años después, en 1998, le corresponderá al P. Gerardo Remolina, S.J., dirigir el gobierno general de la Universidad en los dos últimos años del siglo XX y los primeros siete de la nueva centuria.
Al Padre caro le correspondió, por una parte, elaborar la propuesta de estatutos que finalmente fue aprobada por la Santa Sede en 1978, y por otra, dirigir el proceso para la expedición del Reglamento General de la Universidad, aprobado en 1979. Una década después, se empezó a sentir la necesidad de una nueva revisión de la carta estatutaria, proceso que asumió el Padre Arango y que tuvo un primer momento concluyente cuando se presentó la propuesta de reforma al consejo de Regentes en 1998, pocos meses antes del cambio de Rector. El Padre Remolina llevaría a término esta labor en los primeros años de la década siguiente. ahora bien, hilo conductor del desarrollo institucional en este período fue la función de planeación universitaria, destacada desde el rectorado del Padre Borrero, y el ejercicio de autoevaluación que demandó especial dedicación entre 1984 y 1988. En este año la Javeriana recibió la comunicación de su Vice-Gran canciller, entonces el Padre Remolina, documento elaborado luego de su visita a la Universidad, un año antes del cambio de Rector. Con base en sus planteamientos, la Javeriana renovó su interés en el trabajo de planeación. Uno de los primeros resultados fue la adopción de la misión y el Proyecto educativo de la Universidad, del Documento sobre Unidades académicas, los tres en 1992, así como del Reglamento del Profesorado, tres años después. con estas disposiciones se inició una nueva etapa en la vida académica de la Javeriana, especialmente en lo relacionado con el cuerpo profesoral como en el desarrollo de la labor investigativa. En cuanto a la investigación, la Universidad desde 1990 ha convocado periódicamente el congreso sobre la Investigación en la Javeriana, lo cual ha servido para evaluar los logros en el ejercicio de esta función que se ha estructurado sobre proyectos y grupos de investigación reconocidos.
También en estas tres décadas, la Javeriana se propuso ser cada vez más una universidad interdisciplinaria. en 1973 se creó la Facultad de estudios Interdisciplinarios que dos décadas después, en 1994, fue suprimida para promover en todas las unidades el ejercicio de esta responsabilidad. además de esta decisión, en este período se crearon cinco Facultades: dos en 1970, la de ciencias, la primera que asumía del todo el esquema de departamentos; y la de comunicación Social, que desde 1994 sería de comunicación y Lenguaje; la de ciencias Políticas y Relaciones Internacionales, en 1994; la de artes, en 1995; y la de estudios ambientales y Rurales, en 1997. adicionalmente, la Facultad de ciencias Sociales que desde1982 retomó parte de la labor académica de la antigua Facultad de Filosofía y Letras, y que entre 1988 y 1994 se integró con la de educación, a partir de 1994 volvió a ser de ciencias Sociales. también en este año se restableció la Facultad de educación. Junto a las Facultades, dos Institutos se crearon para asumir aspectos particulares de la actividad académica: en 1993, el Instituto Pensar, y en 1999, el Instituto de Bioética. De manera especial se debe destacar la creación del Programa de Universidad abierta en 1974 y del centro de educación Permanente en 1977, antecedente remoto del centro de educación continua abierto en 1989. No se pueden dejar de registrar los diez Seminarios de Reflexión de Directivos, realizados entre 1978 y 1986, labor que permitió consolidar un profundo pensamiento sobre la institución universitaria y su referencia a la Iglesia y la compañía de Jesús; de igual forma, el Foro Colombia, una visión prospectiva, realizado en 1991, que permitió a la Javeriana hacer una revisión de la situación nacional con miras a precisar su tarea en la solución de los problemas del país. Finalmente, se debe recordar un hito en la historia de la Universidad en este período: el programa de extensión a Cali, iniciado en 1970, que terminó en la creación de la Seccional nueve años después.