DESDE MUY ANTIGUO SANTAFE ANHELABA UNA UNIVERSIDAD
El 29 de Marzo de 590 entraban en Santafé tos Padres Francisco de Victoria y Antonio Linero, con el Juan Martínez, los primeros Jesuítas que penetraban en el interior- del Nuevo Reino. Venían acompañando a don Antonio González, el nuevo presidente . Tras una navegación penosa debido a las tempestades y ataques de los piratas, habían por fin fondeado en Cartagena de Indias el 8 de Mayo de 1589 pero luego, en el Magdalena , la creciente había demorado un año . Los tres Jesuitas no traían, sin embargo, esta vez la misión de establecerse en Santafé. Se trataba tan solo de una excursión apostólica ,Mas apenas llegados, las presiones fueron constantes de parte de la Real Audiencia. El entonces presidente hizo al rey la solicitud (1591) de que su majestad les ordenase permanecer, mas aún les diese licencia de fundar un colegio donde los padres pudiesen enseñar letras, ciencias, teología y aun lenguas indígenas, a cuyo estudio se habían consagrado ‘ ‘con toda el alma» desde su llegada .
No era eso todo. Desde muy antigua Santafé anhelaba una Universidad. En 571 los Padres Predicadores de Santo Domingo habían Inaugurado acá sus estudios, con el designio de en La bula Romanus PontLfex (1580) autorizaba esta petición, mas la idea no había logrado Izar.
Había, pues, ahora. fundadas esperanzas de que, como entonces se decía la santidad en el Seminario y sembrándose en 61 otras buenas artes» , se podrá venir en pocos años a Fundar una universidad dando V . Majestad —añadían el orden que para ello convenga, que será de mucha Importancia y de mayor felicidad para esta tierra»
Las primeras Universidades de América se fundaron en la isla de Santo Domingo, en Lima y en Ciudad de México. En Santafé no existía Institución universitaria, exceptuados algunos estudios mayores, por desgracia intermitentes, ni había «curiosidad de estudios y letras dice un documento (1628) del Archivo de Indias, ni quien supiese más que un poca de latín, sin pretender pasar a estudios mayores, por falta de quien lo enseñase a ellos.
Los Jesuitas en esta ocasión no pudieron quedarse porque el rey no creyó conveniente en esta pequeña ciudad muchos religiosos, y los misioneros de la compañía deberían dependen, en la obediencia, de la del Perú, demasiado lejana en esos tiempos , Los Padres, pues, siguieron su camino. Tres años más tarde (1599) llegaba a Santafé don Bartolomé Lobo Guerrero, nombrado para esta sede arzobispal . En su séquito venían de México los Padres Alonso de Medrano y Francisco de Figueroa, de la Compañía de Jesús, para demorarse poco tiempo, pues no era aún su destino definitivo Ellos, mientras tanto, se dedicaron a un Intenso trabajo espiritual aprovechando a la vez para enseñar gramática y Teología moral.
Y el día de Año Nuevo.
Su Majestad dio el pase regio al breve y pon cédula del 2 de febrero de 1622, mandó a las autoridades eclesiásticas de América darle ejecución. Lo mismo ordenó a los gobernantes civiles (20 de Marzo).
A Santafé, con las acostumbradas demoras, llegaron por fin los correos. Con La Real cédula en la mano y el breve pontificio, el de junio de fecha clásica de la runda de la Javeriana, se presenta ante la Real Audiencia el P. Baltasar Mas Burgués, Rector del Colegio de la Compaña de Jesús de Santafé testifica un documento del Archivo de Indias, y dijo que para conferir los grados estaban hechas unas reglas y constituciones que se habían de confirmar en el Real Consejo de Indias, y que en el ínterim las confirmase el presidente, y en esta conformidad el mismo año de 1623 se fundó la Academia conforme a dicha cédula y breve» . La Audiencia la reconoció y aprobó mientras se obtenía la confirmación Cel Consejo de Indias. Por patrono cuyo nombre llevará con orgullo fue elegido San Francisco Javier, brillante maestro de la Sorbona en París otrora y luego, ya Jesuita, Apóstol de las Indias Orientales.