Para realizar el trabajo propuesto desde la línea de Fortalecimiento Institucional se cuenta con los siguientes objetivos:

• Integrar la investigación de la academia con la industria buscando la transferencia de conocimiento y de tecnología, fortaleciendo la misión de las entidades que forman parte del ecosistema.
• Elevar los estándares de calidad de las IES no acreditadas para contribuir con su mejoramiento, acompañándolas a cumplir con los requisitos puestos por el MEN para ser considerados como programas con alta calidad.
• Impulsar la competitividad y el liderazgo científico y tecnológico del ecosistema para que impacte el desarrollo de la región donde se encuentran las IES.
• Buscar que el Ecosistema se constituya en agente de información, orientación y asesoramiento para las regiones y para sus integrantes.

Y su logro se dará gracias a:

• Fomentar un ambiente propicio para desarrollar investigación de alto impacto sostenible con el paso del tiempo y eficiente para la generación productos que desencadenen una cadena de valor
• Conformar redes de comunicación y de conocimiento que apoyen los procesos investigativos, académicos y de servicio.
• Apoyar los procesos de mejoramiento de las capacidades investigativas de los actores del EC mediante su contribución con la infraestructura
• Generar un espacio para fomentar la innovación y la transferencia de tecnología y de conocimientos entre los miembros.

En lo relacionado con apoyar los procesos de acreditación de las IES no acreditadas, esta propuesta no se puede comprometer con que el MEN acredite programas académicos, pero si con garantizar la mejora en la calidad de varios de los factores que exige este ministerio.