Lecciones de la pandemia a la ciencia colombiana

Lecciones de la pandemia a la ciencia colombiana

“La profesora Marylin Hidalgo ha sido una pieza fundamental de esta iniciativa desde la Facultad de Ciencias”, dice el vicerrector de Investigación de la Pontificia Universidad Javeriana, Luis Miguel Renjifo. Fue ella la que, sin dudarlo y con toda la disposición, empezó a hacer gestiones, junto con la Facultad de Medicina y el Hospital Universitario San Ignacio (HUSI), en la Universidad y fuera de ella, para que la Javeriana se ofreciera a realizar las pruebas de diagnóstico de la COVID-19.

Por su trabajo durante varios años en el Instituto Nacional de Salud (INS), Hidalgo sabía perfectamente que esa entidad necesitaba apoyo y que la experiencia de la investigación universitaria podía responder para agilizar su labor y ampliar la capacidad de respuesta del país.

El llamado de la Secretaría Distrital de Salud de Bogotá (SDS) para certificar laboratorios universitarios capitalinos incluyó una capacitación de investigadores en el INS, paso que ya cumplió la Javeriana. Ahora, el INS y la SDS visitan las universidades para verificar los estándares de calidad en la adaptación de sus instalaciones, de manera que puedan empezar a procesar muestras. Ya las universidades de los Andes, el Bosque y Rosario iniciaron el trabajo. El HUSI y el Instituto de Genética Humana (IGH) de la Javeriana se preparan para unirse a esta red de laboratorios para el diagnóstico de la COVID-19, la cual está coordinada por Gabriela Delgado, bacterióloga y Ph. D. en Ciencias Farmacéuticas.

Tenemos reuniones periódicas con todas las universidades para compartir experiencias técnicas y algunos postulados científicos asociados con el diagnóstico y con el seguimiento. En ese sentido, los investigadores han sido muy generosos, compartiendo sus saberes y reactivos. Ver a las universidades trabajando conjuntamente es muy satisfactorio”, le dijo Delgado a PESQUISA JAVERIANA.

¿Cómo ha sido el proceso en la Universidad? La bacterióloga, Ph. D. en Ciencias y líder del Grupo de Enfermedades Infecciosas de la Facultad de Ciencias, Marylin Hidalgo, y el genetista y director del Instituto de Genética Humana (IGH), Fernando Suárez, quienes han sido claves en la preparación y montaje de los laboratorios universitarios para aportar a la superación de la pandemia en Colombia, hablan acerca de esta experiencia.

PESQUISA JAVERIANA: ¿Qué los motivó a llamar la atención de la Universidad para participar en las actividades propuestas por el INS y la SDS?

Marylin Hidalgo: Durante mi trabajo en el INS enfrentamos dos alertas epidemiológicas muy complicadas, el ataque 9/11 con el ántrax y luego el H1N1, lo que me sirvió para entender cómo funciona el Instituto, cómo manejar esas alertas, y cuáles son las necesidades en esos momentos de angustia. Ahora en la universidad puedo trasladar el conocimiento y las fortalezas que tenemos desde la academia para aportar a esas emergencias. Tenemos gente muy bien formada, que piensa y ve las cosas de manera diferente a la del Instituto. La respuesta del INS tiene que ser inmediata; la de la academia debe ser complementar esta respuesta y de apoyo incondicional.

Fernando Suárez: Con la capacidad técnica en infraestructura que tiene la Facultad de Medicina, vimos la necesidad de acompañar al INS en la realización de las pruebas. Mientras mayor cantidad de pruebas se realicen, se podrá conocer mejor la magnitud del problema.

P. J.: ¿Cómo se ha preparado la Javeriana para ofrecer el servicio una vez el laboratorio esté certificado?

M. H.: Hicimos un profundo análisis, evaluando infraestructura, riesgos y revisando rutas biosanitarias. El HUSI es un eje central, porque para ellos es más fácil asumir el diagnóstico, lo hacen de rutina. Simultáneamente, pensamos extender una parte del Laboratorio de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias al IGH, por su cercanía con el Hospital, lo cual evita que estemos circulando muestras por toda la universidad. El riesgo se disminuye mucho.

F. S.: La SDS solicita adaptar mejor el laboratorio para que sea compatible con el diagnóstico. Por ejemplo, señalizar las áreas de desecho. Debemos tener una ruta sanitaria muy bien definida para saber por dónde van a entrar las muestras, por dónde van a salir los desechos biológicos. Aunque esto ya lo tenemos, ahora debemos ajustarnos a un estándar diferente. Estamos haciendo esos ajustes. Pero ya contamos con la capacidad del diagnóstico porque, con un equipo de cuatro investigadoras, logramos estandarizar la técnica. Si hoy llegara una muestra de un paciente, ya podríamos hacer el diagnóstico.

“Colombia tiene una masa sólida y crítica de investigadores en salud que hoy en día está al servicio del país y del mundo”.
Gabriela Delgado, SDS.

P. J.: ¿Cuáles han sido los obstáculos para adaptarse a las nuevas responsabilidades y cómo los han superado?

M. H.: El sistema es lento y no fluye tan rápido como uno quisiera. Uno se enfrenta a situaciones que no son fáciles de superar. Por ejemplo, no se pueden comprar los reactivos de inmediato, porque no hay disponibilidad. Por otro lado, las realidades de cada persona son diferentes. Hay quienes les da temor procesar o recibir las muestras, porque eso tiene un riesgo. Esas situaciones humanas son comprensibles.

F. S.: Necesitábamos un congelador especial para guardar el RNA de los virus, y ha sido muy difícil porque todo el mundo lo está comprando. Los reactivos están escasos. Es un problema mundial. Como en Colombia no se producen, toca importarlos. Se juntan todos los problemas que uno encuentra en la investigación, pero comprimidos en muy pocos días. Son los problemas de siempre: el dólar más caro, hay que importar materiales y reactivos, pero uno tiene tiempo. En cambio aquí no hay tiempo. El reto grande es tener todo listo en poco tiempo.

P. J.: ¿Cuáles han sido las lecciones en este proceso?

M. H.: Reconocer nuestras fortalezas y nuestras debilidades. Una fortaleza grandísima es la alianza con otras instancias o facultades de la Universidad. La Facultad de Ciencias siempre ha tenido una relación muy cercana con el HUSI, pero ahora hemos visto que esa alianza es más que necesaria. Tenemos un laboratorio y un hospital muy buenos, y muchas capacidades en las facultades de Ciencias y Medicina, lo que nos ha permitido unirnos por una necesidad común. Desde la Facultad de Ciencias hay que destacar la generosidad que han tenido sus investigadores de todas las áreas con sus conocimientos y con su apoyo en equipos y en materiales.

Con los investigadores de otras universidades hemos creado unas alianzas maravillosas. Nos hemos reconocido en la emergencia. Nunca se había visto la generosidad en protocolos y préstamo de reactivos, no en beneficio de las universidades y de los investigadores, sino del país. Todas las universidades estamos unidas para apoyar a la Secretaría Distrital o al INS. La solidaridad ha sido una de las lecciones más importantes.

F. S.: Los obstáculos se han convertido en oportunidades de conocer otras personas, trabajar con ellas, integrar servicios. Hemos hablado con universidades con las que no hablábamos, con puntos de vista diferentes, eso es muy interesante. En el IGH se trabaja con otros virus que sirven, por ejemplo, para inmortalizar líneas celulares, pero no en un genoma viral en particular. Lo que hemos aprendido nos servirá para la investigación en el futuro.

P. J.: ¿Cómo se beneficiará la ciudadanía colombiana con esta nueva infraestructura y con el personal capacitado?

M. H.: El HUSI podrá procesar aproximadamente 300 muestras diarias, porque tienen un sistema automatizado.

F .S.: En el IGH serán unas 200 muestras diarias, o sea, 1000 a la semana, lo que será un alivio inmenso para la Secretaría.

P. J.: ¿Qué viene ahora?

F. S.: Supongo que la escasez de reactivos disminuirá. Pero hay algo muy importante que viene ahora. Estamos pensando en los pacientes, como es obvio, pero no hemos pensado mucho en el personal del sector salud que atiende este tema en las UCI y directamente a los afectados: se supone que se les debería hacer el test cada siete a nueve días. Ese es un reto grande.

Otro problema es que puede haber reinfección. Podríamos tener que repetir la prueba varias veces al año. Mientras no haya vacuna o un medicamento que funcione, esto puede durar años.

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Nuevo software mejora la atención a pacientes

Nuevo software mejora la atención a pacientes

En los hospitales hay cientos de historias clínicas tan largas como las vidas de sus dueños. También hay guías de práctica clínica (GPC) que indican cómo atender a los pacientes de enfermedades crónicas según sus particularidades. ¿Cómo compararlas de manera más ágil para saber si se cumplen esos protocolos de atención?

En Colombia, esa revisión la hace, por lo general, un médico o un residente semanas o quizá meses después de la atención. Se comparan las historias clínicas sistematizadas ―una puede tener cientos de páginas― con las GPC, que son documentos impresos. Esa tarea, que sumando jornadas discontinuas puede tardar meses, es necesaria para verificar el porcentaje de cumplimiento de los tratamientos.

La forma de hacerlo más rápidamente la detectaron médicos del Hospital Universitario San Ignacio, de la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá, tras apreciar el potencial en otra herramienta desarrollada conjuntamente con ingenieros de sistemas de la misma universidad para identificar las historias clínicas electrónicas (HCE) a partir de plantillas de búsqueda.

Cuando empezaron a trabajar en equipo, hace unos cinco años, dice Rafael Andrés González Rivera, profesor de la Facultad de Ingeniería, el problema era que al buscar en el sistema las historias clínicas de los pacientes con diabetes, por ejemplo, aparecían todas las que tuvieran esa palabra, cualquiera fuera el motivo. La búsqueda tenía que ser, entonces, manual. La solución: el software Disearch. De allí se desprendió Exemed, el nuevo sistema que usan los médicos del Hospital San Ignacio hace más de un año.

“Lo que evalúa Exemed de una manera automática, para no tener que revisar historia por historia, es si se hace lo que recomiendan las guías”, resalta Óscar Muñoz, epidemiólogo clínico, investigador del grupo creador de Exemed y profesor del Departamento de Medicina Interna de la Javeriana.

Para Muñoz, quien además ha sido coautor de la Guía Metodológica para la elaboración de Guías de Práctica Clínica con Evaluación Económica en el Sistema General de Seguridad Social en Salud colombiano, como de varias guías de práctica clínica en enfermedades específicas, esta es una herramienta adecuada y eficiente para saber si se siguen las recomendaciones de las guías.

Según el Ministerio de Salud y Protección Social, “una guía de práctica clínica es un conjunto de recomendaciones dirigidas a apoyar a los profesionales de la salud, pacientes y grupos de interés en la toma de decisiones”.


Adaptar el software al lenguaje médico

Lo que se verifica en las HCE es que queden consignados los procedimientos que dicta la guía de práctica clínica. Por ejemplo, si esta determina que a la persona hay que pesarla cada tres días, en la historia debe quedar descrita la información sobre quién lo hizo, cuándo y el resultado. Así, se revisa cada procedimiento y al final se determina el porcentaje de cumplimiento, para cada paciente y, en general, del hospital.

Exemed tiene como base las HCE, y los investigadores crearon un lenguaje para incluir en el sistema las GPC. El sistema cruza los datos y verifica los procedimientos. El proceso fue largo y complejo, pero el profesor González Rivera destaca que ahora se hace una sola vez, pues con la información base que se cruza, el sistema hace los cálculos cada vez que se necesite y analiza dos o tres mil historias clínicas simultáneamente. “Concluimos que los resultados del software son iguales a la revisión manual o mejores”, aseguró el investigador.

Para probar el sistema, se comparó el análisis de los médicos con el del software sobre un mismo conjunto de historias clínicas y para una misma guía. “Había casos en los que el software no era capaz de decir si se hizo o no el procedimiento y el médico sí; íbamos a ver por qué y empezamos a identificar patrones que se repetían. Le enseñamos al software a detectar ciertos patrones en el lenguaje y a determinar si lo que dice el médico es una afirmación, una negación o una sospecha”, precisó González Rivera, quien resaltó que lo interesante del proyecto fue entrenar al sistema para que aprendiera cómo hablan los médicos.

El software automatiza el procedimiento hasta cierto punto, pero es obligatorio que un experto avale el proceso. “Se aumentó en velocidad, para lo que, fundamentalmente, utilizamos minería de datos, inteligencia artificial y procesamiento del lenguaje natural”, explicó González Rivera.

Existen otras herramientas que cumplen tareas similares, pero que no le dicen al médico por qué. “El software dice: este indicador tiene un puntaje de tanto por ciento y el lugar de la historia clínica donde está es este. El médico puede confiar en el resultado o contradecirlo”, resaltó el investigador.

Otra de las novedades del programa es la interpretación de textos extensos y ambiguos, que no están codificados, lo cual se llama procesamiento del lenguaje natural.


Herramienta para mejorar la gestión

El uso de este sistema tiene impacto en la atención de los pacientes porque el análisis sirve para detectar oportunidades de mejora en los hospitales. El profesor González Rivera aclaró que no es una manera de evaluar el desempeño del personal médico. La idea es que otros hospitales usen el software, por lo que la Universidad busca un socio que le ayude en el proceso de comercialización, instalación y soporte técnico, lo que arrojará recursos para seguir investigando, instalarlo y ofrecer mantenimiento, entre otros aspectos.

En esa búsqueda, y con miras a dar cumplimiento a uno de sus objetivos fundamentales, consistente en dinamizar los procesos de transferencia de conocimiento y tecnología generados a partir de la actividad investigativa, la Dirección de Innovación de la Universidad Javeriana ha venido apoyando a los investigadores tanto en los procesos de protección de la propiedad intelectual de sus resultados de investigación como en la búsqueda de aquellos aliados estratégicos que permitan que desarrollos como Disearch y Exemed puedan ser implementados por clínicas y hospitales de todo el país.

Dentro de las actividades que promueve la Dirección de Innovación para dar visibilidad a los resultados de investigación con potencial de transferencia, como es el caso de Exemed, se incluye un fuerte trabajo de divulgación. Un claro ejemplo de estos esfuerzos fue la participación de la Universidad Javeriana en calidad de expositora en Meditech, la feria internacional de salud de Colombia, cuya versión 2018 se realizó la primera semana de julio en Corferias, en Bogotá, donde la Javeriana participó con otras seis tecnologías en salud de diversas facultades, algunas de ellas en alianza con el Hospital San Ignacio.

Mientras tanto, los investigadores continúan mejorando el sistema para que se pueda usar en tiempo real de tratamiento del paciente, lo cual influiría en la toma de decisiones sobre la atención.


Para leer más

 


TÍTULO DE LA INVESTIGACIÓN: Guía informática para el análisis de indicadores de adherencia a las guías de práctica clínica intrahospitalaria de los pacientes tratados con enfermedades crónicas.
INVESTIGADORA PRINCIPAL: Alexandra Pomares Quimbaya
COINVESTIGADORES: Rafael Andrés González Rivera, Wilson Ricardo Bohórquez, Óscar Muñoz, Ángel Alberto García y Milena García
Grupo de Investigación en Enfermedades Crónicas, Hospital San Ignacio
Grupo de investigación Istar, Departamento de Ingeniería de Sistemas
PERIODO DE LA INVESTIGACIÓN: 2014-2017